V případech, když onemocnění postihne tkáň zubu v blízkosti, anebo v kořenovém kanálku, je nevyhnutelné ošetření kořenového systému zubu.
Hlavním cílem endodontického ošetření je precizní odstranění infikované zubní dřeně, očištění stěn kořenových kanálků a jejich následné, hermetické vyplnění a uzavření. Díky dobře provedenému vyčištění kanálků se zabrání dalšímu šíření zánětu do okolních tkání a případně i do sousedících zubů. Po kvalitním endodontickém ošetření může být zub ponechán v ústech a bez obtíží dobře sloužit další řadu let. Průběh celého ošetření se sleduje pomocí RTG přístroje.
Endodontické zákroky bývají spojeny s bolestivými podněty. Samozřejmostí je použití lokální anestezie, aby se zabránilo zbytečnému stresu a obav z výkonu. K ošetření používáme strojový systém Reciproc Gold a nebo Reciproc Silver s apexlokátorem SybronEndo.